内贸海运集装箱市场的以国有性质的航运公司为主，私营内贸航运公司也获得蓬勃生长，尤其是2008年在金融危机的攻击下，远洋运输一蹶不振。而我海内贸集装箱运输市场一枝独秀，内贸集装箱运输市场迎来快速生长，但同样我海内贸海运集装箱运输生长中也保存的问题。

（1）内贸集装箱运输治理机制不健全
（2）缺乏有效的理货机制。外贸集装箱运输在海关体系的严格要求和治理下，其理货机制是很完善的。但内贸集装箱运输却基础没有理货这个程序。理货机制的缺失带来了几个严重的问题：
       A.泛起货损的执法空白。由于没有理货机制，货主、口岸、收货人往往会由于某种原因造成的货物缺失而爆发争议，但却没有有效的文件来证明或澄清。
       B.不可对危险品进行有效监控。在没有理货监督的条件下，部分货主就可以不报、瞒报危险品，或者夹带危险品，从而为运输宁静带来了严重隐患，极大地威胁到人民生命工业的宁静。
       C.内贸集装箱运输超载现象严重，内贸集装箱运输超载是市场保存的主要问题之一。内贸集装箱运输中货主为了节省运费获得较大利润，主观上希望最大限度地利用集装箱的空间。由于内贸集装箱货物种类繁多，甚至大宗的建材、焦炭以及粮食都接纳集装箱运输，因此就很容易造成内贸集装箱的严重超重，目前这种现象在我国口岸普遍保存，但由于口岸区域之间竞争因素大多接纳忍让的态度。
（3）内贸单证体系不完善目前，内贸集装箱运输体系保存着严重的单证体系不完善的问题，主要体现为：差别的口岸有着差别的单证，差别的船公司其单证也纷歧致。
（4）内贸集装箱运输价格体系不健全，交通部在内贸集装箱生长初期制定了内贸口岸有关收费的规则，明确划定了口岸关于内贸集装箱的收费标准。可是，这一标准严重低于外贸，基本上是外贸集装箱相关收费的一半。但随着内贸集装箱运输的生长这样的价格机制已成为了内贸集装箱生长的制约因素。同时由于内贸集装箱运价没有一个有效的监督机制，船公司之间在同一航线上的价格恶性竞争，也影响了内贸集装箱运输市场的健康生长。
（5）内贸水路集装箱运输市场准入机制需要调解
从口岸层面来看，部分口岸原先是从事外贸集装箱业务的，转为内贸集装箱码头或内外贸兼作的码头后，仍然能够包管拥有较完备的码头基础设施和治理体系。但部分中小内贸集装箱码头在基础设施条件和治理体系方面则有着很大的差别，闸口系统、信息系统、安保体系等都不健全。从船公司的层面来看，水陆内贸集装箱运输市场的门槛要远低于外贸集装箱运输，因而泛起内贸水陆运输市场船型混杂，质量狼籍不齐，公司的运营治理体系也千差万别，这也是导致运价市场杂乱的部分原因之一。
（6）内贸集装箱运输基础设施水平落后，装卸费率偏低。目前，我海内贸集装箱运输口岸的基础设施水平还很是落后，内贸海运大部分码头由杂货码头革新而成，基础条件要远落后于外贸集装箱码头，极大地影响了内贸集装箱运输向更高层面的生长。码头装卸作业，内、外贸集装箱在码头的装卸本钱险些相同，可是装卸费率却仅有外贸集装箱装卸费率的1/2，加上油价的涨幅和人工用度，这就给内贸集装箱码头带来了较大的本钱压力，码头治理方也不肯意花费高昂的价钱来更新基础设施